Ada empat variabel yang dijadikan dasar penilaian Indeks Kota Toleransi (IKT), yaitu regulasi pemerintah sebesar 30 persen, regulasi sosial 30 persen, tindakan pemerintah 25 persen dan demogrrafi agama sebesar 15 persen.
Selain itu, pihak Setara Institute juga melakukan pertemuan dengan para ahli dan wawancara online bersama masyarakat sipil di kota-kota untuk mengonfirmasi data sementara hasil scoring.***