Setelah beberapa tahun di Aceh, Sultan Alauddin Syah 3 berjanji tidak akan lagi membantu Portugis yang telah menduduki Malaka.
Baca Juga: HUMOR SI CEPOT: Pantun Lucu Bikin Ngakak, Dijamin Sakit Perut
Maka Sultan Iskandar Muda membebaskan Sultan Alauddin dan diantar kembali serta dinobatkan kembali sebagai Sultan Johor pada tahun 1641.
Belanda berhasil merebut Malaka dari Portugis dan Belanda mengakui kedaulatan Sultan Johor atas wilayah kekuasaannya.
Dan pada saat bersamaan kawasan muara sungai Johor kembali muncul sebagai salah satu pelabuhan dagang di Semenanjung Malaya.
Baca Juga: CEPOT DAKWAH: 10 Pantun Spesial Tahun Baru Islam untuk Status Medsos Kamu, Keren Abis
Pernah pula terjadi permusuhan antara Kerajaan Jambi dan Johor, masalah antara Johor dan Jambi bermula disaat kedua belah pihak berselisih paham mengenai perebutan kawasan yang bernama Tunggal.
Pada masa ini Johor diperintah oleh Sultan Abdul Jalil Syah 3 dan pemerintahan lebih banyak dimainkan oleh raja muda dalam usaha untuk mendapatkan Tunggal dari tangan orang Jambi orang jalur telah menghasut penduduk Tunggal untuk memberontak.
Hal ini menimbulkan kemarahan pemerintahan Jambi namun kekuatan Johor yang disegani pemerintah Jambi pada waktu itu menyebabkan Jambi memilih untuk berdamai.