Museum Zoologi awalnya memiliki fungsi sebagai wadah penelitian yang berkaitan dengan pertanian, inventarisasi fauna, dan zoologi.
J.C Koningsberger mengumpulkan koleksi-koleksi dari berbagai daerah di Indonesia, dan juga beberapa negara di dunia.
Salah satunya adalah mamalia terbesar yang pernah hidup di bumi, yaitu paus biru.
Jumlah koleksi yang dipamerkan di museum meliputi 3,5 persen jumlah jenis fauna yang terdapat di Indonesia.
Museum ini juga memiliki koleksi binatang hidup yang difungsikan untuk penelitian ilmiah.
Koleksi ilmiah yang ada di zoologi ini terbagi dalam beberapa kelompok.
Yakni kelompok mamalia, ikan, burung, reptil dan amfibi, moluska, serangga, dan invertebrata lainnya.***