Pondasi paling atas lebih tidak teratur dibanding dengan pondasi di bawahnya.
Pada pondasi paling bawah ditemukan susunan berbentuk persegi dengan penampil di sebelah bawah.
Para ahli ekskavasi masih belum bisa menyimpulkan mengapa Candi Minak Jinggo terdiri dari 3 lapisan.
Baca Juga: Ingatkah Candi Muaro Jambi? Nadiem Makarim Tinjau Kompleks Candi yang Dibangun Sriwijaya Itu
Ekskavasi ke-3 dilakukan pada tahun 2007 namun tidak tuntas.Hasil ekskavasi ke-3 ditemukan benda-benda kuno yang kini disimpan di BP3 Trowulan.
Benda kuno tersebut terdiri dari 2 relief berukuran besar, yaitu : wanita berbadan ikan dan seorang raksasa bersayap.
Relief raksasa bersayap yang disimpan di BP3 Trowulan tersebut diyakini sebagai perwujudan dari Minak Jinggo.
Namun banyak sejarawan yang meragukan kebenaran kisah dari Minak Jinggo.
Baca Juga: 5 Julukan Indonesia di Mata Dunia, Salah Satunya Negeri Seribu Candi
Meskipun demikian di sekitar candi ditemukan makam tokoh-tokoh dalam cerita Minak Jinggo.