Di samping itu, ada pula pelabuhan untuk armada semut seperti Pelabuhan Armada Semut Mangga Dua tujuan Sofifi, Moti dan Makian, Pelabuhan Bastiong melayari Ternate-Tidore Kepulauan II.
Pelabuhan Kota Baru rute Ternate-Payahe, Pelabuhan kawasan Al-Munawwar rute Ternate-Sidangoli II, Pelabuhan Dufa-Dufa rute Ternate-Jailolo, Kabupaten Halmahera Barat PP dan Pelabuhan Sulamadaha untuk rute Ternate-Pulau Hiri PP. ***