Musim berikutnya 2009-2010 langkah Pep Guardiola di Liga Champions bersama Barcelona terhenti di semifinal.
Jose Mourinho bersama Inter dengan kontra strateginya yang mampu menjegal pasukan Pep Guardiola.
Belajar dari kegagalan di musim 2010-2011, Pep Guardiola membangun pola baru permainan Barcelona dengan mengeksplorasi strategi tanpa striker murni atau false nine.
Permainan indah tiki-taka mengantarkan pasukan Pep Guardiola sekali lagi ke partai puncak, dan harus menghadapi Manchester United untuk kedua kalinya.
Partai seru di Wembley tersebut mampu kembali ditaklukan oleh Pep Guardiola dengan skor 3-1 untuk Barca. Itu merupakan gelar kedua Pep di Liga Champions.
2. Bayern Munchen (2013-2016)
Karier Pep Guadiola setelah pergi dari Barcelona datang ke penguasa Bundesliga, Bayern Munchen yang mengalami momen indah bersama pelatih sebelumnya, Jupp Heynckes.
Namun, musim pertamanya di Bayern Munchen, ia hanya berhasil mengantarkan The Bavarians sampai ke babak semifinal.
Setelah di babak semifinal pasukan Pep Guardiola dicabik-cabik pasukan Real Madrid di bawah Carlo Ancelotti dengan skor agregat telak 5-0.