Tuan rumah paling banyak mengancam dan memiliki beberapa peluang bagus untuk menambah keunggulannya.
Arnaut Danjuma membuka skor pada menit kedelapan dengan mengarahkan tembakan jarak dekat Dani Parejo saat pertahanan Bayern lengah.
Itu adalah gol keenam Danjuma dalam sembilan penampilan Liga Champions musim ini, dan ketujuh dalam 11 pertandingan karirnya di kompetisi tersebut.
Baca Juga: Wow! Cuman Benzema Yang Mampu Lakukan Hal Ini di Liga Champions, Ronaldo Juga Angkat Tangan
Villarreal mengira telah menggandakan keunggulan di menit ke-41 tetapi gol Francis Coquelin dari sudut yang sulit dianulir karena offside.
Striker Gerard Moreno dua kali memiliki peluang untuk menambah keunggulan Villarreal setelah itu. Pertama dengan tembakan mendatar dari luar kotak penalti yang membentur tiang gawang pada menit ke-53.
10 menit kemudian setelah mencegat umpan buruk kiper Bayern Manuel Neuer di dekat lini tengah dan gagal melepaskan tembakan jarak jauhnya ke gawang yang terbuka.
Bola akhirnya terlalu melengkung saat Neuer mati-matian mencoba berlari kembali ke posisinya.
Baca Juga: Wajib Tahu! Inilah 2 Negara Paling Kuat di Piala Dunia 2022 Qatar, Berdasarkan Sejarah
Villarreal melakukan pekerjaan yang baik dengan menahan Robert Lewandowski sepanjang pertandingan dan dia memiliki sedikit peluang di dalam kotak penalti.