Karir Gus Baha sebagai ulama dimulai ketika ia diangkat sebagai pengajar di Pesantren Al-Furqon pada tahun 1998.
Selain itu, ia juga menjadi dosen di beberapa perguruan tinggi, seperti Universitas Airlangga Surabaya dan Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Sunan Ampel Surabaya.
Pada tahun 2003, Gus Baha mendirikan Pondok Pesantren Al-Anwar Sarang, sebuah pondok pesantren yang berlokasi di Rembang, Jawa Tengah.
Pondok pesantren ini kemudian menjadi salah satu pondok pesantren terkemuka di Indonesia, dan menjadi tempat bagi ratusan santri dari berbagai wilayah di Indonesia.
Selain sebagai ulama dan pendidik, Gus Baha juga dikenal sebagai aktivis yang vokal dalam mengadvokasi kepentingan umat Islam di Indonesia.
Ia terlibat dalam beberapa organisasi, seperti Majelis Ulama Indonesia (MUI), Nahdlatul Ulama (NU), dan Muhammadiyah.